Desde 2005, por disposición legal, se incorporó a la cobertura del FNR tratamientos con medicamentos de alto precio, los cuales se encuentran incorporados por el Ministerio de Salud Pública en el Formulario Terapéutico de Medicamentos, indicándose en el mismo las patologías para las cuales la Autoridad Sanitaria los incluyó, definiendo así el ámbito de cobertura del Fondo Nacional de Recursos.
Son los médicos tratantes de las instituciones médicas; los que indican el uso de un determinado medicamento y lo solicitan al Fondo. Los medicamentos se entregan directamente al beneficiario o son enviados a la institución médica que otorga la cobertura de asistencia al paciente quién se encargará de su conservación adecuada y administración.