Desde 2005, por disposición legal, se incorporó a la cobertura del FNR tratamientos con medicamentos de alto precio, los cuales se encuentran incorporados por el Ministerio de Salud Pública en el Formulario Terapéutico de Medicamentos. Allí se indican las patologías para las cuales las autoridades sanitarias los incluyó, definiendo así el ámbito de cobertura del Fondo Nacional de Recursos.
Los médicos tratantes de las instituciones médicas son quienes indican el uso de un determinado medicamento y lo solicitan al Fondo. Los medicamentos se entregan directamente al beneficiario o son enviados a la institución médica que otorga la cobertura de asistencia al paciente, quién se encargará de su adecuada conservación y administración.