Hasta el momento, los trasplantes pulmonares de pacientes uruguayos que financia el FNR se realizan en Argentina, a través de un convenio del MSP y el Ministerio de Salud y Medio Ambiente de Argentina. Sin embargo, desde el FNR se busca la implementación de un Programa de Trasplante Pulmonar. Para ello en noviembre de 2014 se realizó un llamado a instituciones nacionales interesadas en su puesta en marcha.
El objetivo del Programa será realizar las evaluaciones pre trasplante pulmonar, las internaciones por complicaciones y los controles programados pre y post trasplante en Uruguay. Manteniéndose los trasplantes pulmonares en la Fundación Favaloro de Argentina.
En este momento se está analizando las propuestas presentadas, y se conformó un equipo multidisciplinario dentro del FNR, que actualmente está trabajando en la elaboración de la normativa de Trasplante Pulmonar y el convenio a presentar ante las autoridades del FNR, para su análisis y eventual aprobación. También se está trabajando en la elaboración de los formularios y la implementación del sistema.