El FNR otorga cobertura para el tratamiento del GIST como complementaria de otra terapéutica y cuando la enfermedad está avanzada con metástasis con el medicamento Imatinib. Ante la falla del tratamiento el FNR dispone en su cobertura del medicamento Sunitinib.
En todos los casos el financiamiento de los tratamientos con determinado medicamento se realizará teniendo en cuenta los criterios de exclusión e inclusión a los que puede acceder en forma detallada en la normativa.