De acuerdo con la Ley N° 16.343 el Fondo Nacional de Recursos es administrado por una Comisión Honoraria Administradora (CHA) integrada por: tres representantes del Ministerio de Salud Pública (MSP), uno de los cuales es el Ministro o quien lo represente, un representante del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), un representante del Banco de Previsión Social (BPS), tres representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva (IAMC) y un representante de los Institutos de Medicina Altamente Especializadas (IMAE).
Presidenta
Dra. Karina Rando
Ministra de Salud Pública
Presidente Alterno
Lic. José Luis Satdjian
Representantes del Ministerio de Salud Pública
Dr. Gustavo Gaye
Dr. Guillermo Laurnaga (Alterno)
Dra. Adriana Alfonso Cunha
Dra. Jacquelin Coronato (Alterna)
Representantes del Ministerio de Economía y Finanzas
Cr. Fernando Sánchez
Ec. Leticia Zumar (Alterna)
Representantes del Banco de Previsión Social
Dr. Alfredo Cabrera
Dr. Santiago Elverdin (Alterno)
Representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva
C.I.E.S.
Dr. Andrés Di Paulo
Cr. Gabriel Villar (Alterno)
FE.PRE.M.I.
Dr. Hugo Tarigo
Dr. Manuel Silva (Alterno)
Plenario de I.A.M.C. en conjunto con MUCAM
Dr. José Antonio Kamaid
Dr. Carlos Oliveras (Alterno)
Representantes de los Institutos de Medicina Altamente Especializada
Dr. Alfredo Torres
Dra. Virginia Matonte (Alterna)