De acuerdo con la Ley N° 16.343 el Fondo Nacional de Recursos es administrado por una Comisión Honoraria Administradora (CHA) integrada por: tres representantes del Ministerio de Salud Pública (MSP), uno de los cuales es el Ministro o quien lo represente, un representante del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), un representante del Banco de Previsión Social (BPS), tres representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva (IAMC) y un representante de los Institutos de Medicina Altamente Especializadas (IMAE).
Presidenta
Dra. Cristina Lustemberg
Ministra de Salud Pública
Presidenta Alterna
Dra. Alicia Ferreira
Representantes del Ministerio de Salud Pública
Dr. Gilberto Ríos
Dra. Cecilia Pesci (Alterna)
Cra. Gisselle Jorcin
Cra. Noelia Hernández (Alterna)
Representantes del Ministerio de Economía y Finanzas
Ec. Braulio Zelko
Cr. Carlos Britos (Alterno)
Representantes del Banco de Previsión Social
Dra. Esc. Rosario Oiz
Dr. Santiago Elverdin (Alterno)
Representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva
C.I.E.S.
Cr. Gabriel Villar
Esc. María Cecilia López (Alterna)
FE.PRE.M.I.
Dr. Hugo Tarigo
Dr. Manuel Silva (Alterno)
Plenario de I.A.M.C. en conjunto con MUCAM
Dr. José Antonio Kamaid
Dr. Carlos Oliveras (Alterno)
Representantes de los Institutos de Medicina Altamente Especializada
Dra. Mercedes Cha
Dr. Alfredo Torres (Alterno)