Los efectos adversos más importantes del tratamiento con Cladribine son:
- Fiebre, fatiga, dolor de cabeza. Erupción cutánea.
 - Náuseas, disminución del apetito, vómitos.
 - Afectación de la medula ósea con disminución de los glóbulos blancos, rojos y plaquetas, como consecuencia de ello predisposición a las infecciones, anemia y problemas en la coagulación.
 - Reacciones en el lugar de la inyección.
 - Infecciones.
 
También puede verse aunque con menor frecuencia:
- Edemas, taquicardia, trombosis, flebitis.
 - Mareos, escalofríos, insomnio, malestar general, dolor.
 - Problemas más importantes de la coagulación con aparición de púrpura, petequias, sangrado por la nariz.
 - En la piel: prurito y enrojecimiento.
 - A nivel digestivo: diarrea, estreñimiento, dolor en el abdomen.
 - A nivel general: debilidad, dolores musculares y en las articulaciones.
 - A nivel respiratorio: tos y falta de aire.
 - Aumento de la sudoración.
 
Muy raramente, y generalmente con dosis altas del medicamento, puede presentarse:
- Anemia severa, aumento de la bilirrubina, toxicidad del sistema nervioso, infecciones por gérmenes oportunistas, pérdida de fuerzas o parálisis de miembros superiores e inferiores, neumonía, polineuropatía, infiltrados pulmonares intersticiales, disfunción renal, reacciones severas a nivel de piel (síndrome de Stevens-Johnson, necrólisis epidérmica tóxica), elevación de las enzimas hepáticas (transaminasas), síndrome de lisis tumoral, urticaria.
 
Cada paciente es único, por lo que es esencial consultar y discutir los riesgos y beneficios del tratamiento específicamente con el/la médico/a especialista en esta enfermedad.