Algunas técnicas, en virtud del bajo número de actos o por escaso desarrollo de la tecnología a nivel local, no se realizan en el país. El Fondo Nacional de Recursos cuenta entre sus responsabilidades, financiar estos tratamientos cuando la patología se encuentra dentro de un listado que se revisa periódicamente, tal como lo disponen las normas vigentes.
Los actos que actualmente se cubren en el exterior son los siguientes: trasplante hepático, trasplante pulmonar y algunos casos muy excepcionales de cardiopatías congénitas.
Hasta junio de 2006, se otorgaba cobertura también para técnicas de radioneurocirugía. A partir de esa fecha, la misma pasó a ser responsabilidad de las instituciones, dado que comenzó a hacerse en el país.
En todos los casos de autorizaciones de cobertura para el exterior del país actúan Comisiones Técnico Médicas que analizan la situación de los pacientes y emiten un pronunciamiento que es vinculante para el Fondo. Están integradas por médicos especialistas designados por el Ministerio de Salud Pública, la Facultad de Medicina, el Fondo Nacional de Recursos y los IMAE.
