De acuerdo con la Ley N° 16.343 el Fondo Nacional de Recursos es administrado por una Comisión Honoraria Administradora (CHA) integrada por: tres representantes del Ministerio de Salud Pública (MSP), uno de los cuales es el Ministro o quien lo represente, un representante del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), un representante del Banco de Previsión Social (BPS), tres representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva (IAMC) y un representante de los Institutos de Medicina Altamente Especializadas (IMAE).

Presidente

Dr. Daniel Salinas
Ministro de Salud Pública

Presidente Alterno

Lic. José Luis Satdjian

Dra. Andrea Giménez

Dr. Miguel Asqueta

Dra. Karina Rando (Alterna)

Dra. María Guidici (Alterna)

Representantes del Ministerio de Economía y Finanzas

Ec. Hernán Bonilla

Ec. Leticia Zumar (Alterna)

Representantes del Banco de Previsión Social

Esc. Rosario Oiz

Dr. Santiago Elverdin (Alterno)

Representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva

C.I.E.S.

Dr. Andrés Di Paulo

Dr. Juan Ferrari (Alterno)

FE.PRE.M.I.

Dr. Hugo Tarigo 

Dr. Juan Camacho (Alterno)
 

Plenario de I.A.M.C. en conjunto con MUCAM

Dr. José Antonio Kamaid

Dr. Carlos Oliveras (Alterno)

Representantes de los Institutos de Medicina Altamente Especializada

Dra. Virginia Matonte

Dr. Alfredo Torres (Alterno)