De acuerdo con la Ley N° 16.343 el Fondo Nacional de Recursos es administrado por una Comisión Honoraria Administradora (CHA) integrada por: tres representantes del Ministerio de Salud Pública (MSP), uno de los cuales es el Ministro o quien lo represente, un representante del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), un representante del Banco de Previsión Social (BPS), tres representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva (IAMC) y un representante de los Institutos de Medicina Altamente Especializadas (IMAE).

Presidente

Dr. Jorge Basso
Ministro de Salud Pública

Presidenta Alterna

Dra. Lucía Delgado

Dra. Norma Rodríguez

Dr. Jorge Fernández Giulliani (Alterno)
 

Enf. Carmen Millán 

Lic. Lourdes Galván  (Alterno)

Representantes del Ministerio de Economía y Finanzas

Ec. Martín Vallcorba

Ec. Leticia Zumar (Alterno)

Representantes del Banco de Previsión Social

Dra. Esc. Rosario Oiz

Dra. Neda Christoff  (Alterno)

Representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva

Cra. María Ana Porcelli (C.I.E.S.)

Dr. Eduardo Henderson (Alterno)

Dr. Hugo Tarigo (FE.PRE.M.I.)

Dr. Juan Camacho (Alterno)

Dr. José Antonio Kamaid (I.A.M.C.)

Dr.Carlos Oliveras (Alterno)

Representantes de los Institutos de Medicina Altamente Especializada

Dr. Javier Panissa

Dr. Alfredo Torres (Alterno)