De acuerdo con la Ley N° 16.343 el Fondo Nacional de Recursos es administrado por una Comisión Honoraria Administradora (CHA) integrada por: tres representantes del Ministerio de Salud Pública (MSP), uno de los cuales es el Ministro o quien lo represente, un representante del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), un representante del Banco de Previsión Social (BPS), tres representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva (IAMC) y un representante de los Institutos de Medicina Altamente Especializadas (IMAE).
Dr. Daniel Salinas
Ministro de Salud Pública
Lic. José Luis Satdjian
Dra. Karina Rando
Dr. Miguel Asqueta
Dr. Gustavo Gaye (Alterno)
Dra. María Giudici (Alterna)
Cr. Fernando Blanco
Ec. Leticia Zumar (Alterna)
Dr. Alfredo Cabrera
Dr. Santiago Elverdin (Alterno)
C.I.E.S.
Dr. Andrés Di Paulo
Cr. Gabriel Villar (Alterno)
FE.PRE.M.I.
Dr. Hugo Tarigo
Dr. Manuel Silva (Alterno)
Plenario de I.A.M.C. en conjunto con MUCAM
Dr. José Antonio Kamaid
Dr. Carlos Oliveras (Alterno)
Dra. Virginia Matonte
Dr. Alfredo Torres (Alterno)