De acuerdo con la Ley N° 16.343 el Fondo Nacional de Recursos es administrado por una Comisión Honoraria Administradora (CHA) integrada por: tres representantes del Ministerio de Salud Pública (MSP), uno de los cuales es el Ministro o quien lo represente, un representante del Ministerio de Economía y Finanzas (MEF), un representante del Banco de Previsión Social (BPS), tres representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva (IAMC) y un representante de los Institutos de Medicina Altamente Especializadas (IMAE).

Presidente

Dr. Daniel Salinas
Ministro de Salud Pública

Presidente Alterno

Lic. José Luis Satdjian

Dra. Karina Rando 

Dr. Miguel Asqueta

Dr. Gustavo Gaye (Alterno)

Dra. María Giudici (Alterna)

Representantes del Ministerio de Economía y Finanzas

Cr. Fernando Blanco

Ec. Leticia Zumar (Alterna)

Representantes del Banco de Previsión Social

Dr. Alfredo Cabrera

Dr. Santiago Elverdin (Alterno)

Representantes de las Instituciones de Asistencia Médica Colectiva

C.I.E.S.

Dr. Andrés Di Paulo

Cr. Gabriel Villar (Alterno)
 

FE.PRE.M.I.

Dr. Hugo Tarigo 

Dr. Manuel Silva (Alterno)
 

Plenario de I.A.M.C. en conjunto con MUCAM

Dr. José Antonio Kamaid

Dr. Carlos Oliveras (Alterno)

Representantes de los Institutos de Medicina Altamente Especializada

Dra. Virginia Matonte

Dr. Alfredo Torres (Alterno)